Dvadeset godina je prošlo od razarajuće invazije izvanzemaljaca. UN je pokrenuo program globalne zaštite i istraživanja (ESD), koji je izvanzemaljsku tehnologiju iskoristio u svrhu ranog otkrivanja i zaštite protiv eventulne nove invazije. Civilizacija je obnovljena nakon pobjede, a ujedinjena Zemlja i nacije uživaju u relativnom miru i prestanku međusobnih ratnih djelovanja. Kako se dvadesetogodišnjica invazije približava, direktor ESD-a David Levinson (Jeff Goldblum) susreće se s ratnim vođom Dikembom Umbutijem (Deobia Oparei) i doktoricom Catherine Marceaux (Charlotte Gainsbourg) te oni odlaze do netaknute izvanzemaljske letjelice, gdje otkriju da su neprijateljski raspoložene pridošlice s broda poslale signal za pomoć prema svom svijetu. A nedavno se bivšem predsjedniku Thomasu Whitemoreu (Bill Pullman), doktoru Brakishu Okunu (Brent Spiner) i Umbutu, koji su telepatski povezani s izvanzemaljcima, ukazala vizija neidentificiranog letećeg objekta u dolasku.

Glavne uloge u filmu 'Dan nezavisnosti: Nova prijetnja' tumače Liam Hemsworth, Jeff Goldblum, Charlotte Gainsbourg i Bill Pullman.

Trebalo je 15 godina da se započne snimanje ovog filma nakon izlaska prvog nastavka 'Dan nezavisnosti'. Film je posvećen glumcu Robertu Loggiji, koji se pojavljuje u oba nastavka, a preminuo je 2015. godine.

Will Smith je trebao ponoviti ulogu kapetana Stevena Hillera, no filmski studio mu je odbio dati honorar od 50 milijuna dolara. Zahvaljujući njemu ulogu je dobio jedan od najzgodnijih glumaca današnjice Liam Hemswort što je naišlo na oduševljenje njegovih obožavateljica.