Djed i baka s očeve strane podrijetlom su iz Ozlja, dok mu majka ima engleske, škotske, francuske i njemačke korijene. Tijekom svojeg srednjoškolskog obrazovanja, pojavio se u brojnim predstavama i mjuziklima. Nakon mature, pohađao je Eastern Illinois University, no ubrzo se prebacio na Illinois State University gdje je diplomirao kazalište.
Nakon fakulteta, 1976. godine se priključuje Steppenwolf Theatre Companyju u Chicagu, čiji su članovi bili Gary Sinise i Glenne Headly . U New York se preselio 1980. te se pojavio u Steppenwolfovoj produkciji predstave True West ", za koju je osvojio nagradu Obie. Početkom 1982. pojavio se u predstavi Tramvaj zvan čežnja ", a dvije godine kasnije režirao je predstavu Balm in Gilead ", za koju je osvojio još jednog Obieja. Iste je godine ostvario svoj broadwayski debi u Death of a Salesman ", uz bok Dustinu Hoffmanu . Malkovich je osvojio Emmyja za istu ulogu nakon što je predstava doživjela svoju televizijsku adaptaciju 1985. godine.
Jedna od Malkovichevih prvih filmskih uloga bila je ona statista u filmu Svadba " iz 1978., dok je prvu veću ulogu dobio u Mjestima u srcu" 1984. Za utjelovljenje gospodina Willa, dobio je svoju prvu nominaciju za Oscara za najboljeg sporednog glumca. Kasnije se pojavio u filmovima Carstvo sunca " Stevena Spielberga te The Glass Menagerie ", uz bok Paulu Newmanu . Nekoliko se godina kasnije prometnuo u pravu filmsku zvijezdu ulogom iskrenog i senzualnog Valmonta u Opasnim vezama ".
Na hrvatskom je 1990. recitirao stihove himne, uz glazbenu pozadinu hrvatskog skladatelja Nenada Bacha .
Glumio je u filmskoj adaptaciji novele O miševima i ljudima ", a 1994. nominiran je za još jednog Oscara u kategoriji najboljeg sporednog glumca za ulogu u filmu Na vatrenoj liniji". U filmu Biti John Malkovich " glumio je blagu varijaciju sebe, na što je ukazalo srednje ime njegova lika – Horatio". Svoj je redateljski debi ostvario 2002. filmom Revolucija i strast ". Gledali smo ga i u Vodiču za autostopere kroz galaksiju ", Beowolfu ", Spaliti nakon čitanja " i Zamjeni ".
Malkovich je tri puta vodio emisiju Saturday Night Live , a ima i svoju modnu tvrtku Mrs. Mudd " s kojom je 2002. godine izbacio svoju kolekciju muške odjeće pod nazivom Uncle Kimono", a osam godina kasnije nastala je kolekcija Technobohemian". Prije šest godina pojavio se uz Georgea Clooneya u reklami za Nespresso. Njegov smo glas mogli čuti u videoigrici Call of Duty: Advanced Warfare ", a glumio je i spotu za Eminemov singl Phenomenal".
Malkovicheva prva supruga bila je glumica Glenne Headly , od 1982. do 1988. Razveli su se nakon što je glumac stupio u vezu s Michelle Pfeiffer na setu Opasnih veza ". Kasnije je upoznao svoju dugogodišnju partnericu Nicolettu Peyran na setu filma The Sheltering Sky ", a s njom ima i dvoje djece, Amandine i Loewyja . Malkovich tečno govori francuski jezik i gotovo je 10 godina živio i radio u kazalištu u južnoj Francuskoj. Tu je državu napustio zajedno sa svojom obitelji nakon sukoba oko poreza 2003. godine.
Iako je Malkovich u više navrata tvrdio da nije politična osoba, njegov je kolega William Hootkins jednom prilikom izjavio da je Malkovich toliko desničarski orijentiran da se zapitate šali li se zapravo". Prije petgodina, glumac je spasio život 77-godišnjaku koji je pao na ulici i pritom posjekao vrat. Malkovich mu je pritisnuo ranu, a otišao je čim je muškarac bio u sigurnim rukama hitne pomoći. Poznat je po svojoj želi da ostane anoniman i često putuje pod različitim izmišljenim imenima.
Johna Malkovicha pogledajte filmu "Johnny English" večeras na RTL-u!