Scooby-Doo i njegova ekipa,nakon zastrašujućeg iskustva koje su doživjeli u ukletoj palači,odlazena odmor u Meksiko. Ulječilištu La Serena svi članovi družine, osim Shaggyja i Scoobyja , odluče otići pogledati paleontološku iskopinu profesora Svankmajera, koju prema legendi čuva Fantosaur , duh grabežljivog, sablasnog dinosaura koji skupinu paleontologa već godinama sprječava u iskapanju fosila.
Upravo Fantosaur uspije nasmrt preplašiti Shaggyja, kojemu pomoć pruži gospodin Hubley , otkrivši mu pritom sve tajne tog tajanstvenog opsijedanja. Scooby-Doo ekipa ponovno je odlučna u namjeri otkrivanja još jednog misterija! U ovu priču uplest će se banda motociklista, pohlepni korporacijski ulagači, ali i revni znanstvenici.