Ekipa putuje po čitavom svijetu u transkontinentalnom lovu na blago ne bi li riješila čitav niz drevnih zagonetki. Kreću u lov na osvetoljubivog crnog samuraja i njegove spektralne ratnike kako bi se domogli drevnog mača sudbine, oružja koje navodno posjeduje nevjerojatne moći. Putem, Scooby-Dooa i Shaggyja podučava nesuđeni gospodar mača koji ih uči vještine bushida. Njihove novousvojene sposobnosti ubrzo budu testirane na čitavoj nezaustavljivoj vojsci nindža-robota.