Šest mjeseci nakon događaja iz prvog dijela Neo (Keanu Reeves) i Trinity (Carrie-Anne Moss) u romantičnoj su vezi. Morpheus (Laurence Fishburne) prima poruku kapetanice Niobe (Jada Pinkett Smith) iz Logosa u kojoj traži hitno okupljanje svih zionskih brodova. Vojska Sentinela kreće se tunelom prema Zionu i bit će tamo za samo 72 sata. Zapovjednik Lock (Harry Lennix) naređuje svim brodovima da se vrate u Zion, no Morpheus traži da jedan brod ipak ostane kako bi se moglo stupiti u vezu s Oracle (Gloria Foster). U Matrixu posadu toga usamljenog broda pronalazi bivši agent Smith (Hugo Weaving), koji se kopira preko tijela člana posade Banea (Ian Bliss) i koristi telefonsku liniju kako bi napustio Matrix. U Zionu Morpheus širi vijest o strojevima koji napreduju, dok Nebuchadnezzar napušta Zion i ulazi u Matrix. Tamo Neo susreće tjelohranitelja Serapha (Collin Chou), koji ga vodi do Oracle te otkriva da je ona dio Matrixa i daje upute Neu kako da dođe do The Source uz pomoć Keymakera (Randall Duk Kim).

Nastavak prvog dijela, kao uostalom i sve druge, režirali su Lana i Lilly Wachowski, a u njemu uloge iz prvog dijela ponavljaju glavni akteri "Matrixa"; Keanu Reeves, Laurence Fishburne, Carrie-Anne Moss, Hugo Weaving i Gloria Foster a pridružuje im se Jada Pinkett Smith, koja tumači kapetanicu Niobe. Film nastavalja fabulu prvog dijela vrlo sigurno i kvalitetno. Priča se razvija, produbljuje, baš kao i karakteri njenih protagonista, kombinirajući elemente koji čine uspješnu formulu velikih hitova; epske sukobe dobrih i loših, junaka i negativaca, fascinantne specijalne efekte i akcijske vratolomije, eksplozije, romansu i herojska propovijedanja. Sve u svemu, ova znanstveno-fantastična avantura osigurala je nastavak franžize u kojoj Neo polako izrasta u vođu, zaradila je 741,8 milijuna dolara diljem svijeta i u to vrijeme postala R-rated film s najvećom zaradom svih vremena, sve do pojave "Deadpoola" 2016.